おいどんが昔友達に送った考察投下します。

まず阿笠博士は組織繋がっています。そして、阿笠博士はアポトキシン4869を服用し続けえあの年齢を保っていた。そして作中、コナンが阿笠博士と組織の会話を聴いてしまった。その時、灰原がやってきた。彼女は昔から実は阿笠博士が組織と繋がっていたのをしって、阿笠博士と同居していたらしい。一方その頃、赤井秀一はトイレで溺れて死んでしまった。阿笠博士がコナンに接近してた理由は人数が増えた組織をコナンにやらせ、自分のみが社会の裏ですべてを操るためであった。だが、コナンたちはまだその事は知らなかった。コナンはどうやって阿笠博士を止めようとするか考えていた。そこで協力な助っ人がきた。安室透である。そこでコナンと安室たちは黒の組織にアタックしていくのである。そしてその協力もあり着々と黒の組織のメンバーを削っていった。そして、それは阿笠博士の狙いどうりであった。そしていよいよコナンたちはジンと戦っていたそこで怒ったジンは銃を発砲した。そのたまがコナンに当たったと思ったらカキンと弾くようなおとがした。コナンが顔を上げると蘭姉ちゃんがたっていた。だが、そしたら、蘭姉ちゃんが銃弾を受けているはずだが無傷だなぜかと思ったコナンだったが、その後すぐに蘭姉ちゃんはこう言った『私は幼い頃阿笠博士に戦闘用サイボーグに改造されたの』とよって銃弾を弾き返したのだ。そこで蘭姉ちゃんはとてつもない猛撃でジンを追い詰めあっさりジンも終わってしまった。組織の残りのメンバーも少なくなってきたとき、ついにみんなの前に阿笠博士が現れた。そして阿笠博士がすべて話し終わると、コナンたちはさすがに動揺していた。だが、そこに慈悲もなく阿笠博士はずっと溜め込んで作っていた蘭姉ちゃんロボのクローン軍隊をコナンたちに突撃させた。いくらコナンたちでもさすがにヤバイと思った瞬間、なにかがゴロゴロところがってきた。元太だった。彼も阿笠博士に改造されており、戦闘用では最強クラスだったが…性格と燃料に問題があった。燃料はうな重しか食べないのである。そこで使い方に困りコナンたちに同行させたが、元太はコナンたちに情がわき、味方したのであるそこから反撃が始まった。元太はどんどん敵の蘭姉ちゃんを倒していき、ついに阿笠博士を追い詰めた。そして阿笠博士は灰原が作っていた体を元に戻す薬を元太飲まされ死んでしまった。黒の組織はこれで終わったが、警察が殺したのは誰か調べ始め、元太が捕まってしまった。ただ元太はそれもすべて承知の上自分がとどめをさしたのである。そして元太は死刑となり、結局死んでしまった。
　それから10年後、解毒剤のおかげで完全にもとの体に戻った新一がある本を書いた、元太について書かれたものである。そしてそれはまたたくまに売れた。そして元太は実在していたと言う事実も広まり、長きにわたったこの黒の組織との対立、元太の真実すべてが幕を閉じたのであった。

なんか元太ってコナンに迷惑かけることが少年探偵団の中でも多いイメージ。あんま関係ないし気の所為かもしれないけど

元太、あゆみ、光彦の3人は幼稚園の時に中学生の新一と会ってるんだよね…。可愛かった

無理矢理解釈するなら、アーサー・コナン・ドイルのシャーロック・ホームズと何かと比較されるアガサ・クリスティーの名探偵ポワロ

ポワロの風体は肥満体である事くらいだけど
名探偵コナンのラスボスはやはり探偵と仮定するとポワロポジションに位置している人物が黒幕になりそう？

初期は阿笠博士を黒幕にしていたのではないかって説もやはりアガサ・クリスティーから来ていたとすれば、現在の黒幕はポワロやミス・マープルの様なポジションの人物が黒幕なのでは？
ポワロとかマープルみたいな酒があるのかは良く知らんけど

ガバガバ推理で草

最初の黒い人あれセンリツで合ってますよね

黒幕でもうな重中毒だから大丈夫

そりゃ小学生であの体格でうな重ばっかり食って「うな」しか喋れなくなった元太なら黒幕説アリだな

凄い妄想力だな

グラグラゲームは本当位置の意味が解らない所に配置されててそれっぽいなw

スッゲー!!（やれ）

初登場の頃の元太は年を経るごとに頭が尖ってるように見えるのは気のせいなのだろうか？

建物が爆破されたの納得は意味不明で草

少年探偵団の誰かだと恋愛してたりと色々ミスリードが起きてしまうから絶対ないと思うんよな

そりゃ、劇中だもの
爆破しないと

うな重すげぇな 黒幕だったのか

黒塗りされてても一瞬でわかるシルエットというw

じゃあ元太は頭が悪いフリをして子供だと思わせてるのか…！！

ガキのくせに鰻好きで舌肥えてるしな…

小説は最初から犯人がいるって言うしあながち間違いじゃないかも

おにぎり「俺ってすげえぇ‼︎」

まってめっちゃ説得されちゃった
これから元太を黒幕やと思って見ちゃうかも笑

声優の高木さんのイタズラでもあるᜦ ᜦ ᜦ
高木渉⇔元太やから

この台詞マジで元太君が言ったの⁉️

誰でもなりえるそんだけだ。登場してるって言われてるからね。

こりゃ確定だな

うな重が、黒幕の訳ないよ

源田が黒幕だったらショックやな、権田、あ、元太。

自論ですが元太は黒幕の可能性が高いと思います。
黒幕は烏丸蓮耶という名で家紋がカラスの財閥の家庭でご存知の通り黒の組織もカラスと関連があります。

昨年の映画から烏丸蓮耶は子供になっている可能性が高く、殺す薬ではなく小さくなる薬、元に一時的に戻る薬を開発させる意図も頷けます。

ラムと同じく近くにいる可能性があります。
1番近くにいるのは探偵団のメンバー3人です。
中でも小嶋元太（本名）は名前に鳥が入っており、小さい山鳥だが元は太いという今は小さい鳥だが元は太い鳥を暗示しているような名前。
江戸川コナンと同じように他から取ったような名前です。
怪しいですよね。

黒の組織といえばメンバーがお酒の名前ですが、元太の父親は酒屋経営者です。
母親は数回出てきていますがお気に入りのベルモットが形としてなり、父親は用意された人じゃないでしょうか（ここは適当で分からん）

あくまで自論ですが、また何かあれば追記します。

だとしたら、歩美の事好きなロリコンで草

もう別アニメからも黒幕現れそうで草

子供にしてはめっちゃ食べるし、そういうことだったのか

キッドや赤井などの強豪を差し置いて歩美が上位に君臨するって最高だね！！灰原の服が無くなって服を貸したのはコナンじゃなくて光彦だぞ！！

作者はルパン尊敬してるから
双子かマモーみたいな存在が黒幕

それか園子か白鳥、歩美ちゃん

てか黒幕って1人なの？
1人が黒幕とはないんじゃ

烏丸さん命懸けやな

こわいよ

ある時からうな重うな重言わなくなったのも実は入れ替わったからなのかもしれない

元太の同人誌流行れ

グラグラゲームのキャンティと元太の位置絶対違うw

コードネーム「ウナジュー」

ウォッカの真の相方はスカーレット説(≧艸≦)

阿笠博士が怖すぎるんだが

黒幕もう公開されてますよ、コメント欄の人知らないの？笑

初見です

気づいたら子供になっていた。

そうかもしれんなwwww

元太、国会議事堂スゲーって言ってくれ

からすまれんやでなくてからすまげんた(笑)

途中無能てっかいてあるwww

コナン以外の人物全員黒幕説